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Pliez des protéines avec folding@home v5

12:05 - lundi 4 octobre 2004 par Julien Foulquier - source: Présence PC

C'est avec un peu de retard (15 jours) que nous vous annoncons la sortie d'un nouveau client folding@home : la version 5.

Le projet folding@home a été initié par le département de chimie de l'université de Stanford qui a développé une méthode pour comprendre comment les protéines se "plient" (to fold, en anglais). Cette méthode utilise un algorithme permettant de découper des simulations tres coûteuses en temps de calcul en petites fractions, et ceci dans le but de distribuer le travail sur plusieurs ordinateurs. Chacun d'entre nous peut donc, via Internet, télécharger une petite quantité de travail à réaliser, faire calculer son micro-ordinateur, et renvoyer le résultat sur le serveur de l'université de Stanford.

L'étude des simulations permettront à terme de comprendre des maladies génétiques telles que l'alzheimer, les Voies d'infection des Limphocytes T par le HIV (sida), ou encore la maladie de 'la vache folle'.

Cette version ajoute de nombreuses fonctionnalités, qui raviront les anciens (unités de travail plus rapides à calculer), mais également les nouveaux venus dans l'équipe (facilité d'installation, nouveaux petits logiciels de monitoring).
Grâce à cette version, il est devenu très simple d'installer le client en mode service (en se passant, par exemple, du logiciel FireDeamon -gratuit en version d'essai), ce qui facilite grandement son utilisation.

Notre Confrère J-Why de l'alliance Francophone (http://www.alliancefrancophone.org), fait une liste non-exhaustive des nouveautés :

* La possibilité de traîter des WUs gourmandes en mémoire
* Le paramètre '-forceSSE' a été supprimé.
* La possibilité d'installer le client (console) en tant que service
* D'autres modifications moins importantes ont également été apportées

Comme vous pouvez le voir dans cette actualité et sur ce petit tableau, Nombre d'entre vous ont déjà rejoint l'équipe de Présence PC dans le projet de recherche scientifique par calcul partagé du Professeur Vijay Pande.
La miniteam [PPC] est constitué de tous les lecteurs de Présence PC qui ont [PPC] dans leur nom d'utilisateur !

Comment participer à ce projet completement libre de droit ?

Télécharger le client ici et choisir votre OS et la version choisie ( "console" conseillée car
plus rapide que les versions graphiques, mais plus simple à installer)
En UserName mettre le préfixe [PPC] suivie de votre nom. Ex:[PPC]_CairVe
En Team Number mettre le numéro 51 Vous rejoindrez ainsi avec nous
l'Alliance Francophone, la premiere équipe francophone participant au
projet.
Répondre "n" aux autres questions. (plus de détails ici.)
Plus d'informations

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drouvre 04/10/2004 12:18

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:sol:

NiahBoumPof is back 04/10/2004 12:22

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j'avais bien lu donc en bas
(euh c'est tout ce que ca apporte la V5 ?? ben j'api pas envie de me casser la tete a tout reconfigurer pour si peu )

Irvine 04/10/2004 12:23

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Il y'a ecrit desmaladies au lieu de des maladies

piklo 04/10/2004 12:36

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c'est ecrit "( "console" conseillée car
plus rapide que les versions graphiques, [g]mais plus simple à installer[/g])"

vous trouvez pas ça confus??? j'ai l'impression en lisant cette phrase que c'est le client graphique qui est moins simple...

NiahBoumPof is back 04/10/2004 12:45

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piklo a écrit :

ce qui est pas vrai

perso pour reussir a configurer mon client console j'ai due installer le client graphique, tout configurer puis le degager en gardant mon fichier qui aavait mes parametres, puis j'ai mis ce fichier dans le folding console et voila

Dagobert_78 04/10/2004 12:46

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Répondre "n" aux autres questions. (plus de détails ici.)
Plus d'info où ? manquerai pas le lien par hasard !!!

dju 04/10/2004 12:51

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[PPC]_Cairve : la nouvelle star :lol:

NiahBoumPof is back 04/10/2004 12:53

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erf j'avais pas vu

cyrano 04/10/2004 12:54

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Attention, j'ai déjà entendu parler des biologistes français qui n'ont jamais pu avoir acces aux résultats des données brutes calculés. Seul les rapports/articles habituelles l'ont été.

Roro2003 04/10/2004 12:55

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j'attant d'avoir mon A64 4000+

piklo 04/10/2004 12:57

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Cyrano a écrit :

Attention, [g]j'ai déjà entendu parler[/g] des biologistes français qui n'ont jamais pu avoir acces aux résultats des données brutes calculés. Seul les rapports/articles habituelles l'ont été.

des preuves, des preuves, des preuves

NiahBoumPof is back 04/10/2004 13:05

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putain cete semaine j'en suis a un accroissement de 920 en 5jours [:le kneu] et c'est pas fini j'ai toujours des WU en attente d'upload

cyrano 04/10/2004 14:47

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piklo> bah, c'est assez simple. Folding tourne depuis plusieurs années. Je trouverais normale que les résultats soient téléchargeables quelques part. Or, je n'ai jamais rien trouvé sur leur site (les donnéds brutes, pas les articles !).

cyrano 04/10/2004 14:50

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Y'a ça dans la FAQ :

Who "owns" the results? What will happen to them?

Unlike other distributed computing projects, Folding@home is run by an academic institution (specifically the Pande Group, at Stanford University's Chemistry Department), which is a nonprofit institution dedicated to science research and education. We will not sell the data or make any money off of it.

Moreover, we will make the data available for others to use. In particular, the results from Folding@home will be made available on several levels. Most importantly, analysis of the simulations will be submitted to scientific journals for publication, and these journal articles will be posted on the web page after publication. Next, after publication of these scientific articles which analyze the data, the raw data of the folding runs will be available for everyone, including other researchers, here on this web site.

Or c'est écrit depuis le début, depuis RIEN.

d75 04/10/2004 15:54

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le client v5 permet aussi de se mettre en pause automatiquement quand un ordinateur portable se met sur batterie

JWhy 04/10/2004 19:51

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Julien a écrit :

Notre Confrère J-Why de l'alliance Francophone ( http://www.alliancefrancophone.org), fait une liste non-exhaustive des nouveautés

Rendons à César ce qui appartient à César: la news postée sur le site de l'AF il y a 15j été rédigée , en réalité, par Athropos ( de l'AF également) ... merci à lui ... et merci à PPC pour cette news ci :jap:

drouvre 04/10/2004 19:56

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JWhy 04/10/2004 19:59

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Cyrano a écrit :

Or c'est écrit depuis le début, depuis RIEN.

Plusieurs terabytes de données ne sont surement pas simple à mettre à disposition sur le web...

Je viens de transmettre ta question à Vijay Pande...

Wait & see donc...

JY.

JWhy 04/10/2004 20:01

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drouvre a écrit :

et merci à Drouvre [:sige]

xam 04/10/2004 20:01

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depuis longtemps je tourne en anonyme :sweat:

JWhy 04/10/2004 20:05

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sinon, il y a aussi ce lien la qui fait une présentation rapide du projet Folding@Home: http://www.alliancefrancophone.org/bienvenue.html

JWhy 04/10/2004 20:06

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xam a écrit :

depuis longtemps je tourne en anonyme :sweat:

c'est pas grave , l'important c'est que tu plies !

mais bon, tu peux aussi rejoindre l'Alliance Francophone et la miniteam PPC si tu le désires.
Il suffit que tu re-fasses la configuration de ton client et que tu mettes [g][PPC]_xam[/g] comme pseudo (par exemple) et [g]51[/g] comme numéro d'équipe

drouvre 04/10/2004 20:55

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JWhy a écrit :

et merci à Drouvre [:sige]

tu sais pas comment j'ai du me battre pour avoir une news

LtopiQ m'a dit> OK si tu fais tout :lol: