C'est un disque en Rack ?
Quoiqu'il arrive, au lieu d'installer le gestionnaire de boot sur le disque principal (ce qui est logiquement le comportement par défaut), tu peux choisir d'installer lilo/grub sur la partition où se trouve ton installe Linux et utiliser un autre gestionnaire de boot (Xosl par exemple ou même le gestionnaire Windows) pour pouvoir accèder à lilo.
L'autre solution étant d'installer lilo (avec ou sans le noyau) sur une disquette.
Pour récupérer ton invite de boot Windows, fais un fdisk /mbr depuis une invite de commande Windows. Au préalable, tu devras avoir créé une disquette de boot pour Linux si tu veux continuer à accèder à ton système (mkbootdisk --help ou mkboot --help pour en créer une).
C'est un sujet assez vaste et il a donc pleins de possibilités et méthodes.
http://linux-wizard.tuxfamily.org/faq_boot_2.html#win2k décrit en autres choses comment intégrer Linux au boot de Windows 2000 (c'est un peu contraingnant quand on change de noyau).
Mon conseil: créer une disquette de boot et fdisk /mbr
Si c'est trop chiant: déplace Lilo sur son disque (modifies la ligne boot=/dev/hda en boot=/dev/hdb de ton /etc/lilo.conf et relances lilo, ça devrait suffir). Ensuite, installes Xosl sur le disque principal.