Normalement c'est pas si compliqué. Tu as juste a booté sur ton cd d'install. La tu lance le mode de restauration ou reparation. Par exemple sous mandriva ou ubuntu il faut taper rescue. Tape F1,F2,... pour afficher les options de lancement.
Ensuite tu n'auras qu'a choisir la partition correspondant au système a reparer. Et ensuite tu tapes lilo, pour le reinstaller sur le mbr.
Il me semble pas que tu aies besoin de faire des chmod ou quoique ce soit du genre.