Convertion mkv/avi problème de taille finale

Bonjour,
Ayant besoin de convertir des fichiers video mkv (real 4) en avi et mp3, j'ai utilisé 2 logiciels différents, Super(c) et Mediacoder. A chaque fois la convertion commence bien mais s'arrête à seulement 1/3 de la taille totale. Je me retrouve donc finalement avec un fichier avi parfaitement lisible et de bonne qualité qui ne fait que 9.28 minutes sur les 43 du fichier original ! Comme ce problème est exactement le même (à la seconde près) avec l'un ou l'autre des logiciel, que j'utilise Mencoder ou ffmpeg, quel réglage stupide (comme moi) ai-je oublié ?