Réinstallation windows plante sur le concentrateur USB

Alors... tout a commencé par un problème sur "explorer.exe". Les icônes du bureau apparaissaient quelques secondes, puis disparaissaient quelques secondes, dès le démarrage, et non-stop.
Avec un accès via un autre explorateur, tout les programmes fonctionnaient mais c'était un peu...lourd.      
On s'est dit qu'avast avait laissé passer un truc... le virus Vundo fait apparemment ce genre de truc, mais après avoir chargé un petit programme pour le chercher et le virer, ben... pas de fichier infecté.
Recherche de troyens divers, 2 ou 3 trouvés et virés, mais pas de changement.  
Bref, un peu au bord de la crise de nerf, mon conjoint décide d'utiliser le cd de windows pour réinstaller proprement.
D'où notre gros soucis: pendant la réinstall, on a un message qui dit que l'intel machin-truc pour le controleur USB n'est pas certifié windows, et qu'on prend un risque si on l'installe quand même, avec un choix continuer ou annuler. Si on annule, l'install s'arrête directement et on en est toujours au même point. Si on continue, on a un deuxième message du même style, on clique encore oui pour continuer, et là, le clavier (en usb, forcément) s'éteint, une troisième fenêtre apparaît qui nous propose de continuer, sauf que plus de souris ni de clavier, donc on reste comme deux andouilles (et là je suis gentille), et on ne peut que rédemarrer et recommencer le même processus.  
Là ça doit faire genre 20x, je crois que la crise de nerfs on est en plein dedans, donc on est prêts à écouter toutes les idées, même les plus farfelues...
Est-ce-qu-on pourrait être infectés par un truc qui bloque la réinstall windows? (Pourant, juste avant la réinstall, un scan en ligne bitdefender n'avait rien trouvé...)
Est-ce-qu'on peut/doit démonter quelque chose qui bloquerait le temps de réinstaller, pour le rebrancher ensuite?*
Je précise que je n'ai pas de port PS pour la souris, pas de "vieux" clavier... donc il FAUT que ça fonctionne en USB...ou que ça meure...
On pensait en dernier recours démonter le disque dur et tenter de le brancher en slave sur un autre (à déterminer), histoire de voir si on peut y accéder et tenter un truc. Vous pensez qu'il y a plus de chances?
Bref, on écoute tout le monde, je le répète!!