par défaut iphoto stocke toutes les photos qu'il connaît dans son dossier à lui "iPhoto Library". Les photos y sont en plusieurs exemplaires : l'original, la miniature, le fichier modifié si tu fais des retouches, etc.
Si tu veux, tu peux contourner un peu le problème en décochant l'option "Copier les éléments dans la photothèque iPhoto" dans les préférences. Du coup tes originaux resteront là où tu le souhaites. Mais iPhoto créera quand même les miniatures et les fichiers modifiés après retouches dans son dossier à lui. Donc c'est une solution bâtarde. C'est beaucoup plus simple de laisser iPhoto gérer cette organisation, et de ne pas essayer de maintenir une organisation classique par dossiers, en parallèle.
Tu peux (dois) toujours garder une sauvegarde de tes originaux et des fichiers retouchés dans un autre dossier, ou sur un autre disque.