Sûr ? Le comportement que tu décris est pourtant exactement celui de la commande "aligner". Tu l'as décoché/recoché pour voir ce que ça fait ? (d'ailleurs, elle ne se coche pas, donc impossible de savoir dans quelle état elle est sans la titiller).
Sinon, redémarre un coup en appuyant sur shift (maj.) dès le boot. ça te fait un démarrage sans extension, sans gestionnaires supplémentaires, sans plugin à la con. Si ça résout le problème tu n'auras plus qu'à trouver quel soft se lance au démarrage et range tes icônes. Sinon, je ne sais pas.