Bonjour,
Selon moi, la première méthode serait la plus facile à maintenir.
Elle est surtout plus "légal" et répond plus aux standards qu'on s'attend d'un site web (ex: http://host/page.php au lieu de http://host/pagecentrale.php?p=page).
De plus, la lecture du code est plus facile et plus logique. Je m'explique: voir un include("top.php") puis include("fin.php") permet de mieux repérer ou se situe les élements mis dans la page et dans le contexte.
Puis, pour l'erreur 404 (ou autres erreur), le fichier .htaccess peut se configurer afin de mettre une page personnalisé au lieu du 404 standard.
Mathieu.