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Probleme dans pgme perl :lecture fichier FASTA

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 Sujet : Probleme dans pgme perl :lecture fichier FASTA
 
perlgirl
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n°8372
28-10-2004 à 10:23:52

Coucou :)
Voilà j'ai un programme qui traite un gros fichier de séquences d'ADN au format FASTA, il permet de trier les séquences dans 3 tableaux associatifs différents (%tab5, %tab3 et %tabref) en fonction du type de séquence .
Ces tableaux associatifs contiennent la ligne de commentaire (commencant par un > ) en clé et la séquence correspondante en valeur.

Le soucis est que le fichier de séquence n'est pas véritablement au format FASTA il possede des lignes vides et des lignes commentées (commencant par un #), ce qui explique la présence du :

Code :
  1. if ($_ =~ /^[^\s+\#]/



Ce programme fonctionne correctement sur chacun des quatres quarts du fichier et ceci rapidement (de ll'ordre de 2 minutes) mais quand j'essaye sur le fichier entier je n'en ai jamais vu la fin en sachant que j'ai attendu pratiquement 2heures d'execution...
Ce fichier contient 507 629 sequences...

Je met le code ci dessous:

Code :
  1. my (%tab5, %tab3, %tabref);
  2. my ($defline, $seq, $defline5, $defline3, $deflineref);
  3. my $numtot=0;
  4. my $num5=0;
  5. my $num3=0;
  6. my $numref=0;
  8. #=========================================================================================================================================
  9. #                                                        Lecture du fichier à traiter (UNIGENE)
  10. #=========================================================================================================================================
  12. my $seq_file = $ARGV[0];
  13. my $seq_res = $ARGV[1];
  15. chomp ($seq_file);
  17. # ouvrir le fichier en lecture
  18. open (SEQ,"$seq_file" ) || die "cannot open '$seq_file' : $!";
  19. open (RES,">$seq_res" ) || die "cannot open '$seq_res' : $!";
  22. #=========================================================================================================================================
  23. #                                                          Repartition des sequences
  24. #=========================================================================================================================================
  26. # lire le fichier
  27. while (<SEQ> ) {
  28.     chomp;
  29.  
  30.     # prendre la defline: elle devient la clef de chacun des tableaux associatifs %tab5, %tab3 et %tabref
  31.   if ($_ =~ /^[^\s+\#]/){ #evite les lignes vides et les lignes commencant par un #
  32.       if ($_ =~ /^>.*/x) { #si la ligne commence par un >
  33.       $numtot++;
  34.       $defline = $_;
  35.      
  36.      
  37.       if ($defline =~ "clone_end=5'" ) {      #selection des sequences 5'
  38.           #  put_tab(\%tab5, $defline);
  39.           $num5++;
  40.           $defline5 = $defline;
  41.           $tab5{$defline5} ="";
  42.       }
  43.      
  44.       elsif ($defline =~ "clone_end=3'" ) {    #selection des sequences 3'
  45.           $num3++;
  46.           $defline3 = $defline;
  47.           $tab3{$defline3}="";
  48.       }
  49.      
  50.       else {
  51.           $numref++;
  52.           $deflineref = $defline;            #selection des sequences ref
  53.           $tabref{$deflineref}="";
  54.       }
  55.       }
  56.      
  57.       # attibuer la séquence pour sa defline correspondante
  58.      
  59.       elsif ($defline =~ "clone_end=5'" ) {
  60.      
  61.       $tab5{$defline} .= $_;
  62.       }
  63.      
  64.       elsif ($defline =~ "clone_end=3'" ) {
  65.       $tab3{$defline} .= $_;
  66.       }
  67.      
  68.       elsif ($defline)  {
  69.      
  70.       $tabref{$defline} .=$_;
  71.       }
  72.   }
  73.     print1 "$numtot\n";
  74. }
  75. print2 "$numtot\n";
  77. close (SEQ);



Si je fais le print1 je vois bien l'evolution du traitement...mais le print2 je ne le vois pas en attendant pratiquement 2heures ... j'estime que c'est pas normal et donc je peux pas savoir si ca bug a un endroit ou si le pgme tourne tjs...

Merci d'avance pour votre aide,

:wahoo: Perlgirl :wahoo:

KangOl
Profil : Pointeur
Plus d'informations
n°8373
28-10-2004 à 12:03:10

alors la, aucune idée...
je connais pas perl mais si tu mets plus de print de debug, tu pourrais voir ou il cale...


---------------
Da Bidz Triad©®™: Bidz Interceptor
.:: Smileyz version 4.2 [050625]::. -- Code source disponible sous licence GPL.
[u

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